二手安捷伦气相色谱仪的色谱部分和一般的色谱仪基本相同，包括柱箱、气化室和载气系统。除特殊需要，多数不再装检测器，而是将MS作为检测器。此外，在色谱部分还带有分流和不分流两种进样系统，程序升温系统，压力、流量自动控制系统等。色谱部分的主要作用是分离，混合物样品在合适的色谱条件下被分离成单个组分，然后进入质谱仪进行鉴定。色谱仪是在常压下工作，而质谱仪需要高真空，因此，如果色谱仪使用填充柱，必须经过一种接口装置-分子分离器，将色谱载气去除，使样品气进入质谱仪。如果色谱仪使用毛细管柱，因为毛细管中载气流量比填充柱小得多，不会破坏质谱仪真空，可以将毛细管直接插入质谱仪离子源。
　　该仪器的重复性高，取决于定量环技术、惰性材料、温控技术、清洗技术和稳定的自动化控制技术等。可与其他气相色谱联用，无需改装色谱实现气体进样。内置在线软件，可实现24小时无人值守操作和工业过程监测。每次分析间隔可以自动清洗全部管路；PC端软件简单易用。定量环进样，进样体积精准，进样体积可以定制；取样时间，进样时间，进样次数均可自行设定。
　　建议在满足分析要求的前提下，尽可能选用纯度较高的气体，这样不但会提高仪器的高灵敏度，而且会延长色谱柱，二手安捷伦气相色谱仪的寿命。实践证明，作为中高档仪器，长期使用较低纯度的气体气源，一旦要求分析低浓度的样品时，要想恢复仪器的高灵敏度有时十分困难。对于低档仪器，作常量或半微量分析，选用高纯气体，不但增加了运行成本，有时还增加了气路的复杂性，容易出现漏气或其他的问题而影响仪器的正常操作。