同一台质谱仪可以配几种不同的离子源如电子轰击电离源（EI）和化学电离源（CI）。通常GC-MS气质联用仪会配电子轰击电离源（EI）和化学电离源（CI），样品在离子源中电离成离子，比较常用的离子源有与GC串联的电子轰击电离源（EI）和化学电离源（CI），与LC串联质谱常用电喷雾离子化(ESI)、大气压化学电离(APCI)、大气压光电离(APPI)，以及基质辅助光解吸离子化（MALDI）等等。

电离方式和离子源

电轰击电离（EI）：一定能量的电子直接作用于样品分子，使其电离，且效率高，有助于质谱仪获得高灵敏度和高分辨率。有机化合物电离能为10eV左右，50-100eV时，大多数分子电离界面最大。70eV能量时，得到丰富的指纹图谱，灵敏度接近最大。适当降低电离能，可得到较强的分子离子信号，某些情况有助于定性。

化学电离（CI）：电子轰击的缺陷是分子离子信号变得很弱，甚至检测不到。化学电离引入大量试剂气，使样品分子与电离离子不直接作用，利用活性反应离子实现电离，其反应热效应可能较低，使分子离子的碎裂少于电子轰击电离。商用质谱仪一般采用组合EI/CI离子源。试剂气一般采用甲烷气，也有N2,CO,Ar或混合气等。试剂气的分压不同会使反应离子的强度发生变化，所以一般源压为0.5-1.0Torr。

大气压化学电离（APCI）：在大气压下，化学电离反应速率更大，效率更高，能够产生丰富的离子。通过一定手段将大气压力下产生的离子转移至高真空处（质量分析器中）。早期为Ni63辐射电离离子源，另一种设计是电晕放电电离，允许载气流速达9L/S。需要采取减少源壁吸附和溶剂分子干扰。

二次离子质谱（FAB/LSIMS）：在材料分析上，人们利用高能量初级粒子轰击表面（涂有样品的金属钯），再对由此产生的二次离子进行质谱分析。主要有快原子轰击（FAB）和液体二次离子质谱（LSIMS）两种电离技术,分别采用原子束和离子束作为高能量初级粒子。一般采用液体基质负载样品（如甘油、硫甘油、间硝基苄醇、二乙醇胺、三乙醇胺或一定比例混合基质等）。主要原理是分子质子化形成MH+离子，其中有些反应会形成干扰。

等离子解析质谱（PDMS）：采用放射性同位素（如Cf252）的核裂变碎片作为初级粒子轰击样品，将金属箔（铝或镍）涂上样品从背面轰击，传递能量使样品解析电离。电离能大大高于FAB/LSIMS，可分析多肽和蛋白质。

激光解吸/电离（MALDI）：波长为1250-775的真空紫外光辐射产生光致电离和解吸作用，获得分子离子和有结构信息的碎片，适于结构复杂、不易气化的大分子，并引入辅助基质减少过分碎裂。一般采用固体基质，基质样品比为10000/1。根据分析目的不同使用不同的基质和波长。

采用EI则比较困难对其进行较为准确的定性，此时就需要用到CI源这种软电离的离子化方式，通过获得分子离子信息进而推断化合物的结构，对定性非常有用，此外一些化合物采用CI分析可以获得更高灵敏度。

CI源离子化室的气密性比EI源好，以保证通入离子源的反应时间有足够压力。

一个是电子源，一个是化学源，针对的分子量不同，CI分析的分子量会大一些，当然两个源分析的原理也不同！两种的电离方式不同。EI源是电子轰击使样品带电，结构会打得比较碎。CI是通过反应气与样品发生反应从而电离，一般分子离子保留得比较好。

EI源主要由电离室（离子盒）、灯丝、离子聚焦透镜和一对磁极组成。灯丝发射电子，经聚焦并在磁场作用下穿过离子余弦定理到达收集极。此时进入离子化室的样品分子在一定能量电子的作用下发生电离，离子被聚焦、加速聚焦成离子束进入质量分析器。

CI离子源的结构和EI源相似，也是由电离室（离子盒）、灯丝、离子聚焦透镜和一对磁极组成。主要区别是离子化室的气密性比EI源好，以保证通入离子源的反应时间有足够压力。

CI和EI一样，灯丝发射的电子使中性分子电离，不同的是样品和反应试剂一起进入离子化室，反应所浓度高于样品浓度，首先电离的是反应试剂中性分子，由于压力较高，发生离子-分子反应，产生各种活性反应离子，这些离子与样品分子再发生离子-分子反应，实现样品分子电离。常用的反应气试剂有甲烷、异丁烷、氨气等。

相对于EI源来说，CI源需要额外的甲烷、异丁烷等反应剂气体在离子源内电离，与目标化合物发生分子-离子反应，传统的离子源都是独立的EI源和CI源，需要更换离子化模式时就需要卸除真空进行硬件的更换，更换过程以及真空系统的稳定需要很长的时间，这就给实验工作带来非常大的不便，双源EI/CI复合离子源，保证EI源灵敏度不受影响的前提下轻松实现一个离子源EI和CI两种离子化模式无缝切换，满足客户在不同领域的定性分析和定量分析。

节约大量时间，提升实验效率：离子化模式切换时无需卸真空，无需换离子源,

基于分子量的相似度检索，加强鉴定结果准确性 ：通过CI模式获得分子离子峰确定目标化合物分子量，再通过比对EI模式获得相似度检索的定性结果加强鉴定的准确性。

保证高灵敏度，与独立离子源具有相同的定性定量效果