具有液相色谱LC前端的串联质谱MS，特别是三重四极质谱（也称之为“串联”）质谱（LC-MS/MS），这种仪器在过去的十几年里逐渐取代了GC-MS和单四极质谱监测器（LC-MS），成为质谱实验中用到的主要仪器之一。

液相色谱质谱联用技术LC-MS/MS仪器包括大气压电离源，通常为ESI源或大气压化学电离源，由离子入口和聚焦组件耦合，提供从大气压到真空的转换和离子聚焦，进入第一质量过滤装置，接着进入碰撞室，该碰撞室充满用于碰撞诱导离解的低压气体，接着进入第二质量过滤装置，最后进入离子检测器（电子倍增器）。

液相色谱质谱联用技术仪可以在仪器灵敏度和质量分辨率范围内进行五种不同的扫描模式：

1.全扫描：扫描两个质量过滤器的整个（或部分）质量范围，而碰撞室不包含任何碰撞气体。此试验可以查看样品中包含的所有离子。

2.子离子扫描：在第一质量过滤装置中选择一个特定的m/Q，用碰撞气体填充碰撞室使所选m/Q破裂，然后扫描第二质量过滤装置的整个（或部分）质量范围。该实验可以查看所选前体离子的所有碎片/产物离子。

3.前体离子扫描：扫描第一质量过滤装置的整个（或部分）质量范围，在碰撞室中填充碰撞气体，将扫描范围内的所有离子碎片化，然后第二质量过滤装置选择一个特定的m/Q分析。此实验可以通过检测产物离子和检测之前的m/Q的时间相关性，确定哪个m/Q前体离子可能产生所选产物离子。

4.中性丢失扫描：在第一质量过滤装置的整个（或部分）质量范围内扫描，用碰撞气体填充碰撞室使扫描范围内的所有离子破碎，然后在预定范围内扫描第二质量过滤装置，该预定范围对应前体扫描范围内每个潜在离子发生的特定质量的破裂引起的损失。该实验可以识别失去选定的通用化学基因的所有前体。

5.选择（或多个）反应检测（SRM或MRM）：在第一质量过滤装置选择一个特定的m/Q，用碰撞气体填充碰撞室，将选定的m/Q碎裂，然后第二质量过滤装置从这些片断中选择一个特定的m/Q进行分析。这个实验可以对第一质量过滤装置中的分析物进行特定的检测，已知该m/Q是特定于第二质量过滤装置选择的产物离子的片段。对于这个特定的离子对检测灵敏度也大大提高，因为检测器现在主要处理这个单一分析物待定的离子对，并且可以在几个周期内重复这样做。