蛋白质组学（Proteomics)是以蛋白质组为研究对象，研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。最早是1994年由Marc Wikins首先提出的。蛋白质组学本质上指的是在大规模水平上研究蛋白质的特征包括蛋白质的表达水平，翻译后的修饰蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等生物学过程的系统描述。随着蛋白质技术尤其是质谱技术的快速发展，蛋白质组学研究进入快速发展阶段。蛋白质组学方法已经从传统的免疫组织化学( IHC )染色、western blot和酶联免疫吸附试验( ELISA),发展到高通量的方法，如组织微阵列(TMA)、蛋白质通路阵列和质谱分析。这些高通量蛋白质组学技术不仅减少了分析时间，还提高了蛋白质组覆盖的准确性和深度。随着生物信息学和现代多分析“组学”技术的发展，蛋白质组学在揭示疾病的分子机制，发现新的生物标志物方面有着巨大的前景，并可作为特定的诊断检测、预后预测和治疗目标，进一步加强个性化医疗。

Thermo Scientific Orbitrap Fusion Tribrid 质谱仪创新性的三合一结构结合了四极杆、Orbitrap和离子阱质谱仪的优点，对丰度极低、复杂性极高，或极难分析样品的结构分析更透彻，定量更准确，非常适合蛋白质组学中复杂体系的高通量蛋白检测，广泛应用于蛋白组学、代谢组学和天然产物的鉴定等领域。

其中在蛋白组学的应用主要包括：

1、蛋白质定性分析：蛋白质序列分析，肽指纹图谱分析等；

2、相对定量蛋白质组学研究：血液、组织、细胞以及细菌等样品的非标和标记定量蛋白质组学分析；

质谱在蛋白质定量中起重要作用。使用同位素标签的多重分析法被广泛应用于蛋白质丰度的高通量定量比较。Orbitrap Fusion Lumos Tribrid三合一质谱仪可以执行同量异位素标记TMT，能够以高定量精度同时分析10个样品。Orbitrap Fusion Lumos具有高选择性和更高的灵敏度，可实现最佳性能，同时可保持对低丰度分析物定量的高重现性。

3、翻译后修饰（PTM）蛋白质组学研究：磷酸化、糖基化、甲基化、乙酰化等修饰位点的鉴定。

PTM在蛋白质组学中起着重要的作用，调节细胞活性定位，与其他细胞分子发生相互作用，如蛋白质、核酸、脂质和辅因子。Orbitrap Fusion Lumos Tribrid三合一质谱仪具有CID、HCD、ETD和EThcD等多个片段，可用于PTM分析，尤其是糖基化分析。例如，ETD和EThcD可以提供糖肽主链片段化的MS/MS谱图，从而找到准确的修饰位点定位。