二手多级质谱联用是通过对一级或上级质谱产生离子的进一步裂解产生次级质谱，并对次级质谱进行质量分析的技术。依据实现方式，多级质谱可分为两类：一类是时间串联质谱，它是利用某些质量分析器能够储存离子的特性，在同一个质量分析器上，通过时间序贯实现多级质谱分析；另一类是空间串联质谱，它是利用多个质量分析器在空间上串联从而实现多级质谱的功能。

二手多级质谱联用之时间串联质谱法
时间串联质谱主要是由离子阱或FT一ICR完成操作。从“硬件”方面来看，只需要一个质量分析器，因而仪器费用较空间串联质谱要低，这是时问串联质谱的最大优点。

也正因为这个原因，时间串联质谱可达到多级(MSn)，这是空间串联质谱所不能及的。

在离子阱中完成串联质谱的实验步骤组成：
①按前述的离子阱稳定性图，选择适当的u、P值，可选出某一质荷比的离子贮存在离子阱中，质荷比更大或更小的其它离子均逐出离子阱。
②进行碰撞诱导断裂CID。由于离子阱在运行时是充氦气的，加大初始离子(pre．cursor ion)的动能即可实现CID。例如，在端盖极上加一个辅助的正弦波形的“扰动(tickle)”电位，其频率调谐至离子运动的基频，因此离子从这个辅助的“扰动"电场中吸收能量，这是一个共振激发的过程。仔细控制扰动电位的振幅，使离子不致于从离子阱中逐出，但离子已从离子阱的中心拉出来，增加了动能，和氦气分子碰撞，发生CID。
③进行质量扫描，得到产物离子的质谱，这由扫描V而完成。
以上一个循环由计算机控制完成。必要时，可进行下一级乃至多级(Msn)实验。
由于离子在离子阱中不断作回旋性的运动，因而有较高的碰撞效率。时间串联质谱只能完成产物离子扫描，不能进行初始离子扫描和中性碎片丢失扫描，但产物离子扫描是最重要的一种扫描。

二手多级质谱法

离子阱质谱法(ITMS)和傅里叶变换离子回旋共振质谱法(FTICRMS,即FTMS)的发展，使MSn(n>2)成为可能，这两种方法均有离子贮存及选择性排斥功能。MSn实验是通过软件实现的，样品离子化后，用脉冲程序将选定的m／z离子以外的其他离子排斥出去，用脉冲阀导入碰撞气体，将选定的离子加速至足够的动能，经CID得到产物离子。上述程序可重复进行，直至实现MSn。

二手多级质谱法的源内CID(in—source CID)是利用API—MS的离子传输区的电场，在约133Pa的压力下，碰撞诱导离子裂解，产生CID谱。

优点：碰撞活化效率高，因而灵敏度高；简便，不必知道Ma+的m／z；可选择的能量范围较宽，以适应于不同稳定性的化合物；仪器简单、价廉。所以，在药物分析中可以解决多数定性、定量问题。

缺点：如有杂质及共流出峰存在将产生复杂的结果；由于需进行色谱分离，因而增加了分析时间。

无论是哪种方式的串联，都必须有碰撞活化室，从第一级MS分离出来的特定离子，经过碰撞活化后，再经过第二级MS进行质量分析，以便取得更多的信息。