化合物定性基础的四大谱，核磁共振、紫外、红外和质谱。质谱和其他三种定性方式不同的是，化合物在质谱仪中需要先离子化，才能被质量分析器检测到，这样，利用质谱来检测化合物的时候是需要先建立质谱方法，才能保证得到理想的质谱图。

1.判断是否需要和色谱串联？

如果样品纯度较高，样品中其他组分不干扰目标组分的检测，可以选用直接进样的质谱仪，这种一般适用于合成终产品的定性分析；大部分样品的分析需要和色谱仪联用，如果样品易挥发、容易汽化并热稳定，建议与二手GC联用，如果样品难挥发，一般与液相色谱联用，与反相液相色谱联用有利于化合物的离子化，更容易检测到。

2.与二手GC串联的质谱方法

首先根据检测目的选择离子源，一般二手GC-MS会配备EI和CI两种离子源，EI源会得到更多的碎片离子，有利于结构的鉴定，但有时会得不到分子离子峰，一般电子轰击电压是70eV，如果难以得到分子离子峰，可以适当降低电子轰击电压；CI源更容易得到分子离子峰，如果需要得到分子量，适合选择CI源。

然后选择质量分析器，GC-MS一般配置的是单四级杆，如果SCAN模式，除了质量扫描范围，一般不用修改其他参数，SIM（离子扫描）模式需要选定目标质量数，EI和单四级杆分析结果可以和NIST谱库匹配，可以为结构解析提供参考；定量分析可以用单四级杆的SIM模式，也可以配置三重串联四级杆；需要精确分子量可以串联飞行时间质量分析器。离子肼可以做多级质谱，适合做结构鉴定，但EI源配离子肼分析器的意义不大。

3.与二手HPLC串联的质谱方法

（1） HPLC方法

二手HPLC分析时常在水相中添加有机酸和缓冲盐来增强保留和改善峰形，液质联用时不适合用难挥发的盐和酸来作为改性剂，常用的TFA虽然能挥发，但TFA浓度过高会抑制化合物电离。这是液质联用的液相方法需要注意的地方。

（2）离子源的选择

小分子化合物分析一般ESI源和APCI源就已经足够了，ESI源适合于极性大的化合物，如一些氨基酸、多肽、寡聚糖、表面活性剂等，ESI源除了得到[M+H]+外，也容易得到[M+NH4]+、[M+Na]+，还有双分子离子峰[2M+H]+等；下图是anti-HIV药物在含有氯化铵的乙醇溶液的Nano-ESI源的正和负离子谱图。
                       
进入离子源的溶剂的流量比较大或者溶剂比较难挥发，需要增大雾化气的流量和温度。

APCI源适合于中等极性和弱极性的化合物，典型的如油脂中甘油三酯的分析，APCI需要样品先气化，不适合热不稳定的的化合物，APCI需要优化的参数主要是Corona 电流和汽化温度，需要根据具体的仪器来优化。

（3）质量分析器的选择

定量分析选用三重串联四级杆，需要结构分析选用串联离子肼的质谱，定性选用飞行时间分析器，现在市面上的质谱的分析器的种类很多了，Q-TRAP、Q-TOF既可以定性分析，也可以定量分析。

质谱还需要注意的是源内裂解现象CID，尽量降低CID的影响。在有标准品的情况下，可以利用标准品溶液直接进样，以得到较高目标化合物的分析离子峰和碎片离子的丰度来优化质谱参数，在TUNE模式下，优化得到最佳的质谱参数，再根据液相条件，调整离子源参数。

质谱的离子源和质量分析器种类也比较多，每个品牌的仪器也有自己的特点，一般流程比较难细化，质谱的原理不难理解，但质谱的使用和解析都需要经验的累积才能做的好。